کلود لینوکس یک محصول تقریباً پیچیده است. به همین دلیل حتماً باید با طریقهٔ کار با آن اطلاعات اولیه را کسب کنید که بهترین مکان برای این منظور، خود مستندات کلود لینوکس است. البته قبل از کار با مستندات این نرم افزار، به علت اینکه کلود لینوکس بر اساس لینوکس توسعه داده شده است، حتماً باید دانش کار با خط فرمان لینوکس را هم تا حد زیادی یاد داشته باشید.
به هر حال یکی از مشکلاتی که کاربران با آن مواجه می شوند این است که بعد از اعمال تنظیمات مثلاً از طریق اکانت سی پنل از بخش PHP Selector (که مربوط به کلود لینوکس است)، احساس می‌کنند که این محدودیت‌ها و تنظیماتی روی سایت اعمال نمی‌شوند. مثلاً میزان محدودیت RAM یا memory_limit را تنظیم می‌کنند، در حالی که هیچ تغییری را مشاهده نمی‌کنند یا خطای قبلی همچنان پابرجاست.
اول از همه باید بدانید که باید با استفاده از تابع phpinfo() در پی‌اچ‌پی تنظیمات و ماژول‌های موتور PHP روی هاست خود را بررسی کنید. پس یک سند با پسوند php بسازید و این تابع را درون آن قرار دهید و با مرورگر اجرایش کنید. برای کسب اطلاعات بیشتر راجع به این موضوع به دیگر آموزش‌های مرکز آموزش وبنولوگ مراجعه کنید. حالا تک تک گزینه‌های تنظیماتی PHP را از طریق آن بررسی کنید و مثلاً ببینید محدودیت حافظه یا RAM چقدر است. این تنها روش معتبر برای این کار است.
نکتهٔ بعدی این است که زمانی که شما کلود لینوکس را نصب می‌کنید، در اصل باید کاری کنید که کاربران سرورتان دیگر نتوانند از ابزارهای مدیریت PHP از طریق خود سی پنل مثل MultiPHP INI Editor استفاده کنند. پس باید از طریق WHM آنها را غیرفعال کنید.
به این دلیل باید این کار را انجام دهید که اگر یک سایت PHP توسط خود سی پنل به جای کلود لینوکس مدیریت شود، پس تنظیمات بخش PHP Selector روی سایت پی‌اچ‌پی اعمال نخواهد شد. یعنی بین تنظیمات PHP روی سی پنل و کلود لینوکس ممکن است اختلال ایجاد شود. البته در نسخه‌های جدید کلود لینوکس سعی شده این مشکل برطرف شود و کاربران سی پنل بتوانند ببینند که الان دقیقاً سایت‌تان با کدام محصول در حال ارائهٔ خدمات است
در ضمن یک سری از تنظیمات هم هست که باید از درون WHM یا مدیریت کل DirectAdmin از طریق صفحهٔ CloudLinux Manager بخش Selector انجام شود که به عهدهٔ مدیر کل سرور است. ما در دیگر صفحات سعی کردیم راجع به آنها هم آموزش‌های مفیدی را خدمت شما ارائه کنیم. اما باز هم دانش اصلی درون خود مستندات کلود لینوکس است.
به طور کلی بیشتر مشکلاتی که کاربران با کلود لینوکس دارند، به علت دانش فنی کم آنها است. باید دانست که Cloudlinux و CageFS چطور کار می‌کنند و بیشتر از طریق خط فرمان چطور کنترل می‌شوند. آنگاه اگر مشکلی هم وجود داشته باشد، به راحتی می‌توان آنها را برطرف نمود.
